En 1995, Juan Carlos fundó la casa productora La Media Luna. Desde entonces en sus diversos proyectos se ha dedicado a la promoción del género documental en México tanto en el cine como en televisión y las nuevas plataformas.

La primera obra de Rulfo fue su tesis del CCC, El abuelo Cheno y otras historias (1995), cortometraje documental con el que explora la vida y muerte de su abuelo paterno. Su ópera prima, el largometraje Del olvido al no me acuerdo (1999), lo reafirmó como uno de los mejores exponentes del género documental mexicano. La película ganó, entre otros, el premio a la Mejor Ópera Prima en el Festival de Montrèal. Su siguiente largometraje, En el hoyo (2006), ganó el Gran Premio del Jurado al Mejor Documental Internacional en el Festival de Cine de Sundance, entre otros reconocimientos.

En los últimos años, Juan Carlos se ha enfocado en la realización de proyectos muy personales. Su más reciente largometraje Cartas a Distancia (2021), que habla sobre el aislamiento durante la pandemia del Covid-19. Fue nominado a dos ARIELES 2022, a Mejor documental y Mejor música original.